python - 如何提交调用我的 python 脚本的 SGE 作业

Question

所以，我想在远程机器上运行 python 脚本。但是，在服务器手册中，他们是这样说的:

You need to create this script and save it.

#!/bin/bash
#$ -V ## pass all environment variables to the job, VERY IMPORTANT
#$ -N run_something ## job name
#$ -S /bin/bash ## shell where it will run this job
#$ -j y ## join error output to normal output
#$ -cwd ## Execute the job from the current working directory
#$ -q lowmemory.q ## queue name
uptime > myUptime.${JOB_ID}.txt
echo $HOSTNAME >> myUptime.${JOB_ID}.txt

So if this script was called blast_AE004437.sh we could run the following to make all of those steps happen.

qsub my_script.sh

因此，我假设我需要创建一个 .sh 文件来运行它并将所有这些命令添加到我的原始脚本中。是吗？因为我正在这样做，但什么也没发生。在所有这些命令之后，我还添加了“python2.7”来加载 python。我做错了什么？顺便说一下，输出会出现在同一个文件中，还是我需要下载不同的文件？

Answer 1

您列出的文件是 SGE 运行脚本的开头由作业调度程序调用。 qsub 提交给调度系统。一旦集群机器上有空闲插槽，在那里调用运行脚本。

我建议你在这个文件中调用你自己的脚本。

...
echo $HOSTNAME >> myUptime.${JOB_ID}.txt

cd /directory/of/your/script                         # change directory  
python2.7 your_script.py arg1 arg2 ... >> output.${JOB_ID}.log  # call your script

通常您还需要手动设置 $PATH 变量和 $PYTHONPATH 变量在调用 python 之前。