objective-c - 如何在内存中存储分子？

Question

我想在内存中存储分子。这些可以是简单的分子:

Methane (CH4)
C-H bond-length: 108.7 pm
H-H angle: 109 degrees

还有更复杂的分子，如扑热息痛 (C8H9NO2):

如何在内存中存储分子，包括所有键长和键角？

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将原子结构存储在数组中是个好主意吗？或者有更好的方法吗？

Answer 1

它看起来像某种图形数据结构:

• 一个分子有一组原子
• 原子由键连接:
  • 键可以是双键、单键或三键
  • 键有长度
  • 键有一个角度
• 这是一个循环图(例如，问题中的示例有一个交替的单键和双键环)
• 这不是有向图(如果两个原子键合，从键的哪一端接近都没有关系)

通常，您会将图存储为节点(原子)数组和边(键)数组。节点和边都是指向结构的指针。

节点(原子)将存储元素。

边(键)将存储以下字段:

• 一对指向节点的指针
• 键的类型(双键/单键)
• 键长和键角

由于它不是有向图，您的数据结构会将 A 和 B 之间的边视为等效于 B 和 A 之间的边。也就是说，对于给定的原子对，您希望边阵列包含一条从 A 到 B 而从不从 B 到 A 的边。