python - 同时使用 pandas 和 PyTables (3.1.1)，重新打开一个已经打开的文件

Question

我同时使用 pandas 和 pytables (3.1.1)。问题是我已经用 pytables 打开了一个 HDF5 文件，当我尝试用 pandas 创建一个新的 HDF5Store 时

hdf5store = HDFStore(...)

我收到以下错误:

  File "/home/travis/virtualenv/python2.7_with_system_site_packages/local/lib/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 281, in __init__
    self.open(mode=mode, warn=False)
  File "/home/travis/virtualenv/python2.7_with_system_site_packages/local/lib/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 387, in open
    self._handle = h5_open(self._path, self._mode)
  File "/home/travis/virtualenv/python2.7_with_system_site_packages/local/lib/python2.7/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 154, in h5_open
    return tables.openFile(path, mode)
  File "/home/travis/virtualenv/python2.7_with_system_site_packages/local/lib/python2.7/site-packages/tables/_past.py", line 35, in oldfunc
    return obj(*args, **kwargs)
  File "/home/travis/virtualenv/python2.7_with_system_site_packages/local/lib/python2.7/site-packages/tables/file.py", line 296, in open_file
    _FILE_OPEN_POLICY))
ValueError: The file '/tmp/temp_folder_for_pypet_tests/experiments/tests/HDF5/merge1.hdf5' is already opened.  Please close it before reopening.  HDF5 v.1.8.4-patch1, FILE_OPEN_POLICY = 'strict'

我怎样才能告诉 pandas 不要重新打开文件，而只是使用已经给定的文件句柄？

非常感谢!

Answer 1

您需要显式传递 mode='r' 以强制以只读模式打开。默认是以 mode='a'(追加模式)打开。

最新版本的 PyTables 变得更加严格，只允许一个文件以写入模式打开一次，即使跨多个进程/线程也是如此。这是为了避免文件可能损坏。

如果你有最新的 HDF5 库版本，你可以在只读模式下多次打开文件(否则你会得到一个不同的异常)。