- c - 在位数组中找到第一个零
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- 正则表达式替换多个文件
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我有两个给定的数组:x 和 y。我想按如下方式计算两个数组之间的相关系数:
import numpy as np
from scipy.stats import pearsonr
x = np.array([[[1,2,3,4],
[5,6,7,8]],
[[11,22,23,24],
[25,26,27,28]]])
i,j,k = x.shape
y = np.array([[[31,32,33,34],
[35,36,37,38]],
[[41,42,43,44],
[45,46,47,48]]])
xx = np.row_stack(np.dstack(x))
yy = np.row_stack(np.dstack(y))
results = []
for a, b in zip(xx,yy):
r_sq, p_val = pearsonr(a, b)
results.append(r_sq)
results = np.array(results).reshape(j,k)
print results
[[ 1. 1. 1. 1.]
[ 1. 1. 1. 1.]]
答案是正确的。但是,想知道使用 numpy 和/或 scipy 是否有更好更快的方法。
最佳答案
另一种方法(不一定更好)是:
xx = x.reshape(2,-1).T # faster, minor issue though
yy = y.reshape(2,-1).T
results = [pearsonr(a,b)[0] for a,b in zip(xx,yy)]
results = np.array(results).reshape(x.shape[1:])
另一个当前线程正在讨论使用列表理解来迭代数组的值:Confusion about numpy's apply along axis and list comprehensions
如那里所讨论的,另一种方法是初始化 results
,并在迭代期间填充值。对于非常大的案例,这可能更快,但对于中等规模的案例,这
np.array([... for .. in ...])
是合理的。
更深层次的问题是,pearsonr
或其他替代方法是否可以计算多对而不是一对的这种相关性。这可能需要研究 pearsonr
的内部结构,或 stats
中的其他函数。
这是矢量化 stats.pearsonr
的第一个剪辑:
def pearsonr2(a,b):
# stats.pearsonr adapted for
# x and y are (N,2) arrays
n = x.shape[1]
mx = x.mean(1)
my = y.mean(1)
xm, ym = x-mx[:,None], y-my[:,None]
r_num = np.add.reduce(xm * ym, 1)
r_den = np.sqrt(stats.ss(xm,1) * stats.ss(ym,1))
r = r_num / r_den
r = np.clip(r, -1.0, 1.0)
return r
print pearsonr2(xx,yy)
它符合你的情况,尽管这些测试值并没有真正发挥作用。我刚刚获取了 pearsonr
代码,在大部分行中添加了 axis=1
参数,并确保一切正常。 prob
步骤可以包含在一些 bool 掩码中。
(如果需要,我可以将 stats.pearsonr
代码添加到我的答案中)。
此版本将采用任何维度 a
、b
(只要它们相同),并沿着 pearsonr
计算指定轴。无需 reshape 。
def pearsonr_flex(a,b, axis=1):
# stats.pearsonr adapted for
# x and y are (N,2) arrays
n = x.shape[axis]
mx = x.mean(axis, keepdims=True)
my = y.mean(axis, keepdims=True)
xm, ym = x-mx, y-my
r_num = np.add.reduce(xm * ym, axis)
r_den = np.sqrt(stats.ss(xm, axis) * stats.ss(ym, axis))
r = r_num / r_den
r = np.clip(r, -1.0, 1.0)
return r
pearsonr_flex(xx, yy, 1)
preasonr_flex(x, y, 0)
关于python - 有没有更快的方法来获得相同的结果?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/27649503/
我想了解 Ruby 方法 methods() 是如何工作的。 我尝试使用“ruby 方法”在 Google 上搜索,但这不是我需要的。 我也看过 ruby-doc.org,但我没有找到这种方法。
Test 方法 对指定的字符串执行一个正则表达式搜索,并返回一个 Boolean 值指示是否找到匹配的模式。 object.Test(string) 参数 object 必选项。总是一个
Replace 方法 替换在正则表达式查找中找到的文本。 object.Replace(string1, string2) 参数 object 必选项。总是一个 RegExp 对象的名称。
Raise 方法 生成运行时错误 object.Raise(number, source, description, helpfile, helpcontext) 参数 object 应为
Execute 方法 对指定的字符串执行正则表达式搜索。 object.Execute(string) 参数 object 必选项。总是一个 RegExp 对象的名称。 string
Clear 方法 清除 Err 对象的所有属性设置。 object.Clear object 应为 Err 对象的名称。 说明 在错误处理后,使用 Clear 显式地清除 Err 对象。此
CopyFile 方法 将一个或多个文件从某位置复制到另一位置。 object.CopyFile source, destination[, overwrite] 参数 object 必选
Copy 方法 将指定的文件或文件夹从某位置复制到另一位置。 object.Copy destination[, overwrite] 参数 object 必选项。应为 File 或 F
Close 方法 关闭打开的 TextStream 文件。 object.Close object 应为 TextStream 对象的名称。 说明 下面例子举例说明如何使用 Close 方
BuildPath 方法 向现有路径后添加名称。 object.BuildPath(path, name) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObject 对象的名称
GetFolder 方法 返回与指定的路径中某文件夹相应的 Folder 对象。 object.GetFolder(folderspec) 参数 object 必选项。应为 FileSy
GetFileName 方法 返回指定路径(不是指定驱动器路径部分)的最后一个文件或文件夹。 object.GetFileName(pathspec) 参数 object 必选项。应为
GetFile 方法 返回与指定路径中某文件相应的 File 对象。 object.GetFile(filespec) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObject
GetExtensionName 方法 返回字符串,该字符串包含路径最后一个组成部分的扩展名。 object.GetExtensionName(path) 参数 object 必选项。应
GetDriveName 方法 返回包含指定路径中驱动器名的字符串。 object.GetDriveName(path) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObjec
GetDrive 方法 返回与指定的路径中驱动器相对应的 Drive 对象。 object.GetDrive drivespec 参数 object 必选项。应为 FileSystemO
GetBaseName 方法 返回字符串,其中包含文件的基本名 (不带扩展名), 或者提供的路径说明中的文件夹。 object.GetBaseName(path) 参数 object 必
GetAbsolutePathName 方法 从提供的指定路径中返回完整且含义明确的路径。 object.GetAbsolutePathName(pathspec) 参数 object
FolderExists 方法 如果指定的文件夹存在,则返回 True;否则返回 False。 object.FolderExists(folderspec) 参数 object 必选项
FileExists 方法 如果指定的文件存在返回 True;否则返回 False。 object.FileExists(filespec) 参数 object 必选项。应为 FileS
我是一名优秀的程序员,十分优秀!