- c - 在位数组中找到第一个零
- linux - Unix 显示有关匹配两种模式之一的文件的信息
- 正则表达式替换多个文件
- linux - 隐藏来自 xtrace 的命令
编辑:我认为基本解决了。
我正在使用 scipy.stats 中的 spearmanr 来查找多个不同样本中变量之间的相关性。我有大约 2500 个变量和 36 个样本(或“观察”)
如果我使用所有 36 个样本计算相关性,spearmanr 工作正常。如果我只使用前 18 个样本,它也能正常工作。但是,如果我使用后 18 个样本,则会出现错误并返回 nans。
这是错误:
/Home/s1215235/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/function_base.py:1945: RuntimeWarning: invalid value encountered in true_divide
return c / sqrt(multiply.outer(d, d))
/Home/s1215235/.local/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/_distn_infrastructure.py:1718: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
cond1 = (scale > 0) & (x > self.a) & (x < self.b)
/Home/s1215235/.local/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/_distn_infrastructure.py:1718: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
cond1 = (scale > 0) & (x > self.a) & (x < self.b)
/Home/s1215235/.local/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/_distn_infrastructure.py:1719: RuntimeWarning: invalid value encountered in less_equal
cond2 = cond0 & (x <= self.a)
这是代码:
populationdata = np.vstack(thing).astype(np.float)
rho, pval = stats.spearmanr(populationdata[:,sampleindexes], axis = 1)
(populationdata 是一个充满 float 的 numpy 数组;[:,sampleindexes] 只允许使用少数列。
这就是 rho 返回的内容:
[[ 1. nan nan ..., 1. -0.05882353
-0.08574929]
[ nan nan nan ..., nan nan
nan]
[ nan nan nan ..., nan nan
nan]
...,
[ 1. nan nan ..., 1. -0.05882353
-0.08574929]
[-0.05882353 nan nan ..., -0.05882353 1. 0.68599434]
[-0.08574929 nan nan ..., -0.08574929 0.68599434 1. ]]
最佳答案
在评论中指出“虽然有很多 0。” 所以 populationdata[:,sampleindexes]
可能有全为 0 的行。那将导致 spearmanr
生成 nan
。例如,
In [3]: spearmanr([[0, 0, 0], [1, 2, 3]], axis=1)
/Users/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/function_base.py:1957: RuntimeWarning: invalid value encountered in true_divide
return c / sqrt(multiply.outer(d, d))
/Users/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/_distn_infrastructure.py:1728: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
cond1 = (scale > 0) & (x > self.a) & (x < self.b)
/Users/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/_distn_infrastructure.py:1728: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
cond1 = (scale > 0) & (x > self.a) & (x < self.b)
/Users/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/_distn_infrastructure.py:1729: RuntimeWarning: invalid value encountered in less_equal
cond2 = cond0 & (x <= self.a)
Out[3]: (nan, nan)
关于Python Scipy : scipy. stats.spearmanr 返回 nans,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/32115900/
首先我想说的是,我知道isNaN()和 Number.isNaN()工作。我正在阅读 David Flanagan 的 The Definite Guide,他举例说明了如何检查值是否为 NaN :
在表中,对于 skips day 列,最后一行的默认值始终是单词“last”,它不是数字。现在,结果日期显示为“NaN/NaN/NaN”,有什么方法可以将其替换为 Nil 之类的东西。 非常感谢。
我正在制作一个网站,如果用户登录,则会为用户提供一定的注销时间,其中定义了注销时间,剩余时间是从注销时间 - 服务器时间获得的。 我已经通过 PHP 获得了注销时间和服务器时间,但我想动态显示剩余时间
我有以下代码,它简单地初始化一个 UIImageView 以适应 UIImage 在当前屏幕尺寸上尽可能大的比例: CGSize mainScreenSize = [appDelegate mainS
这个问题已经有答案了: Why in numpy `nan == nan` is False while nan in [nan] is True? (1 个回答) 已关闭 3 年前。 我只是觉得这有
我有动态 JQGrid,其中一列是日期列。我从包含 URL 和日期的 feed 中获取数据。 我需要为“日期列”开发列模型,使其显示日期和超链接。但不幸的是,数据显示为 NAN/NAN/NAN (这可
我已经包含了一个演示我的问题的片段。基本上处理给了我这个错误: 调用map(NaN, -3, 3, -125, 125),返回NaN(不是数字) 我理解此消息的方式是,map 函数返回 NaN,并且由
我在下面创建的过滤器适用于 Chrome,但不适用于 Firefox。我不明白为什么。 myApp.filter('dateCustom', [ '$filter', function ($fil
虽然问题的第一部分(在标题中)之前已经回答过几次(即 Why is NaN not equal to NaN? ),但我不明白为什么第二部分会以它的方式工作(受此启发问题 How to Check l
我需要在数组中找到min和max值(不考虑可能的NaN值在这个数组中)。 这只使用 double 会很容易,但是这些 FindMin 和 FindMax 函数必须使用泛型类型。 我尝试以这种方式测
我正在开发一个屏幕,其中 UIScrollView 内只有一个 UIImageView。 UIScrollView 使用户能够固定和缩放图像。我从下面的帖子中得到了帮助。它使用 Storyboard和
尽管看到了类似的答案,但我不知道这里发生了什么。我制作了一个自定义的 UIImageview,它应该在创建后立即开始动画: class HeaderAnimator: UIImageView {
我正在寻找一个 pandas 系列并用下一个数值的平均值填充 NaN,其中:average = next numerical value/(# consecutive NaNs + 1) 到目前为止,
我有一个 mySql 表,其中有一个名为 posts 的列,该列设置为 timestamp 类型,默认为 current_timestamp。然后,我使用 php PDO 获取它的值(以及其他一些列)
我想知道以下类型的 nan 之间有什么区别。除了 NAN_macro (计算结果为 -nan(ind) 而不是 nan )的视觉差异外,它们的行为似乎都相同(根据下面的示例脚本)。 我看了一些其他的答
我为我的网页做了倒计时;它在除 Mozilla 和 IE 之外的所有浏览器上都能正常工作。 我做错了什么,我该如何解决? 下面是我的代码: ***var dt = '2018-06-14 11:59
在将 Xcode 更新到 8.3 后,我在启动时开始收到此错误:由于未捕获的异常“CALayerInvalidGeometry”而终止应用程序,原因:“CALayer 位置包含 NaN:[nan na
我正在使用 jquery 自动完成 onselect 它在不同的文本字段中显示数据。我使用 format_date() 函数在 #dob 和 #anniversery 中显示格式化日期 select:
我有一个带有 json Store 和 DateField 的网格。 Firefox 运行良好,但在 Internet Explorer 8 中无法运行。 我这样定义: function conver
我有一个错误,它在启动时使应用程序崩溃。这是我得到的错误: *** Terminating app due to uncaught exception 'CALayerInvalidGeometry'
我是一名优秀的程序员,十分优秀!