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我一直在我正在编写的程序中使用 argparse,但它似乎没有创建指定的输出文件。
我的代码是:
parser.add_argument("-o", "--output", action='store', dest='output', help="Directs the output to a name of your choice")
with open(output, 'w') as output_file:
output_file.write("%s\n" % item)
我也试过:
parser.add_argument("-o", "--output", action='store', type=argparse.FileType('w'), dest='output', help="Directs the output to a name of your choice")
output_file.write("%s\n" % item)
发生的错误是:
output_file.write("%s\n" % item)
NameError: name 'output_file' is not defined
谁能解释一下为什么会出现这个错误,我该如何解决?
我所有的代码:
from __future__ import print_function
from collections import defaultdict
from itertools import groupby
import argparse #imports the argparse module so it can be used
from itertools import izip
#print = print_function
parser = argparse.ArgumentParser() #simplifys the wording of using argparse as stated in the python tutorial
parser.add_argument("-r1", type=str, action='store', dest='input1', help="input the forward read file") # allows input of the forward read
parser.add_argument("-r2", type=str, action='store', dest='input2', help="input the reverse read file") # allows input of the reverse read
parser.add_argument("-v", "--verbose", action="store_true", help=" Increases the output, only needs to be used to provide feedback to Tom for debugging")
parser.add_argument("-n", action="count", default=0, help="Allows for up to 5 mismatches, however this will reduce accuracy of matching and cause mismatches. Default is 0")
#parser.add_argument("-o", "--output", action='store', type=argparse.FileType('w'), dest='output', help="Directs the output to a name of your choice")
parser.add_argument("-fastq", action="store_true", help=" States your input as fastq format")
parser.add_argument("-fasta", action="store_true", help=" States your input as fasta format")
parser.add_argument("-o", "--output", action='store', dest='output', help="Directs the output to a name of your choice")
args = parser.parse_args()
def class_chars(chrs):
if 'N' in chrs:
return 'unknown'
elif chrs[0] == chrs[1]:
return 'match'
else:
return 'not_match'
with open(output, 'w') as output_file:
s1 = 'aaaaaaaaaaN123bbbbbbbbbbQccc'
s2 = 'aaaaaaaaaaN456bbbbbbbbbbPccc'
n = 0
consec_matches = []
chars = defaultdict(int)
for k, group in groupby(zip(s1, s2), class_chars):
elems = len(list(group))
chars[k] += elems
if k == 'match':
consec_matches.append((n, n+elems-1))
n += elems
print (chars)
print (consec_matches)
print ([x for x in consec_matches if x[1]-x[0] >= 9])
list = [x for x in consec_matches if x[1]-x[0] >= 9]
flatten_list= [x for y in list for x in y]
print (flatten_list)
matching=[y[1] for y in list for x in y if x ==0 ]
print (matching)
magic = lambda matching: int(''.join(str(i) for i in matching)) # Generator exp.
print (magic(matching))
s2_l = s2[magic(matching):]
line3=s1+s2_l
print (line3)
if line3:
output_file.write("%s\n" % item)
最佳答案
你错过了实际解析参数的位:
parser.add_argument("-o", "--output", help="Directs the output to a name of your choice")
args = parser.parse_args()
with open(args.output, 'w') as output_file:
output_file.write("%s\n" % item)
parser.parse_args() 将为您提供一个对象,您可以使用带破折号的长选项名称按名称访问参数。
关于python - 使用 argparse 创建输出文件,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/23566970/
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