python - 生成潜在的 8 个字符串的所有可能的 2 个字符组合？

Question

我要生成一个元组的所有可能组合

( (base1 , position1) , (base2 , position2) )

bases = ["U", "C", "A", "G"] 和 positions = [0,1,2,3,4,5, 6,7,8]。

要求

• 不重复
• 碱基可以相同但位置必须相同不同
• 必须遵守秩序。

例如:

( (A,1), (B,2) ) == ( (B,2) , (A,1) ) 和( (A,1), (B,1) ) 应该被丢弃。

示例输出:

[ ( (U,0) , (U,1) ), ( (U,0) , (U,2) ), ( (U,0) , (U,3) ) .. .]

长度应为 448

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例子:

对于长度为 2 的字符串:

((U,0),(U,1))
((U,0),(C,1))
((U,0),(A,1))
((U,0),(G,1))

((C,0),(U,1))
((C,0),(C,1))
((C,0),(A,1))
((C,0),(G,1))

((A,0),(U,1))
((A,0),(C,1))
((A,0),(A,1))
((A,0),(G,1))

((G,0),(U,1))
((G,0),(C,1))
((G,0),(A,1))
((G,0),(G,1))

会是所有的组合...我想

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目前我有这个

all_possible = []
nucleotides = ["U","C","A","G"]


for i in range(len(nucleotides)):
    for j in range(8):
        all_possible.append(((nucleotides[i],j),(nucleotides[i],j)))

Answer 1

听起来您想要(每个可能的 2 基词)X(从范围 (8) 中抽取的每个 2 组合)的笛卡尔积。

你一般可以通过以下方式得到这个

from itertools import product, combinations

def build(num_chars, length):
    bases = ["U", "C", "A", "G"]
    for letters in product(bases, repeat=num_chars):
        for positions in combinations(range(length), num_chars):
            yield list(zip(letters, positions))

这给了我们

In [4]: output = list(build(2, 8))

In [5]: len(output)
Out[5]: 448

In [6]: output[:4]
Out[6]: 
[[('U', 0), ('U', 1)],
 [('U', 0), ('U', 2)],
 [('U', 0), ('U', 3)],
 [('U', 0), ('U', 4)]]

In [7]: output[-4:]
Out[7]: 
[[('G', 4), ('G', 7)],
 [('G', 5), ('G', 6)],
 [('G', 5), ('G', 7)],
 [('G', 6), ('G', 7)]]