python - 如何检查给定文件是否为 FASTA？

Question

我正在设计一个需要在早期阶段之一输入 .fasta 文件的代码。现在，我正在使用此函数验证输入:

def file_validation(fasta):
    while True:
        try:
            file_name= str(raw_input(fasta))
        except IOError:
            print("Please give the name of the fasta file that exists in the folder!")
            continue

        if not(file_name.endswith(".fasta")):
            print("Please give the name of the file with the .fasta extension!")
        else:
            break
    return file_name

现在，虽然这个函数工作正常，但仍然存在一些错误的余地，因为用户可能输入一个文件，虽然文件名以 .fasta 结尾，但可能有一些非 .fasta里面的内容。我该怎么做才能防止这种情况发生并让用户知道他/她的 .fasta 文件已损坏？

Answer 1

为什么不把文件当作 FASTA 来解析，看看它是否会损坏？

使用 biopython ，它通过在非 FASTA 文件上返回一个空生成器而默默地失败:

from Bio import SeqIO

my_file = "example.csv"  # Obviously not FASTA

def is_fasta(filename):
    with open(filename, "r") as handle:
        fasta = SeqIO.parse(handle, "fasta")
        return any(fasta)  # False when `fasta` is empty, i.e. wasn't a FASTA file

is_fasta(my_file)
# False