python - PyMC3 traceplot 不显示

Question

我正在尝试从 Osvaldo Martin 的 Bayesian Analysis with Python 中获取 PyMC3 示例。在 Windows 10 上，虽然以下使用 matplotlib 的代码工作正常(即显示图表):

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.stats as stats


def posterior_grid(grid_points=100, heads=6, tosses=9):
    """
    A grid implementation for the coin-flip problem
    """
    grid = np.linspace(0, 1, grid_points)
    prior = 0.5 - abs(grid - 0.5)
    likelihood = stats.binom.pmf(heads, tosses, grid)
    unstd_posterior = likelihood * prior
    posterior = unstd_posterior / unstd_posterior.sum()
    return grid, posterior


if __name__ == "__main__":
    points = 100
    h, n = 1, 4
    grid, posterior = posterior_grid(points, h, n)
    plt.plot(grid, posterior, 'o-', label='heads = {}\ntosses = {}'.format(h, n))
    plt.xlabel(r'$\theta$')
    plt.legend(loc=0)
    plt.show()

...我无法使用 PyMC3 的跟踪图来显示图表:

import pymc3 as pm
import numpy as np
import scipy.stats as stats

if __name__ == "__main__":

    np.random.seed(123)
    n_experiments = 4
    theta_real = 0.35
    data = stats.bernoulli.rvs(p=theta_real, size=n_experiments)
    print(data)

    with pm.Model() as our_first_model:
        theta = pm.Beta('theta', alpha=1, beta=1)
        y = pm.Bernoulli('y', p=theta, observed=data)
        start = pm.find_MAP()
        step = pm.Metropolis()
        trace = pm.sample(1000, step=step, start=start)

    burnin = 100
    chain = trace[burnin:]
    pm.traceplot(chain, lines={'theta':theta_real});

代码运行并退出正常，但没有显示图表。

我已经尝试在 IntelliJ IDEA 中使用 Python 插件，从根环境的 Anaconda 控制台窗口和 IPython。

在 IPython 中，我在控制台上得到以下输出:

Out[3]:
array([[<matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x0000024BDD622F60>,
        <matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x0000024BDD667208>]], dtype=object)

...所以显然有事情发生了。但是如何将结果显示为图表？

我也用 Python 3.5 尝试了书中列出的确切库版本，但仍然没有 traceplot 图表:

• Ipython 5.0
• NumPy 1.11.1
• SciPy 0.18.1
• Pandas 0.18.1
• Matplotlib 1.5.3
• Seaborn 0.7.1
• PyMC3 3.0

Answer 1

各种进一步的谷歌搜索让我得到以下答案。

使用 IPython，您必须调用 ipython --pylab auto 来为 matplotlib 提供合适的后端(至少在 Windows 上)。

使用IntelliJ IDEA/PyCharm，需要添加

import matplotlib.pyplot as plt

然后

plt.show()

在 traceplot 行之后显示绘图。