python - 如何使用networkx绘制子图

Question

我尝试根据节点名称列表从 networkx 中的 karate_club_graph 绘制子图，但失败了。如何绘制我想要显示的子图？

import networkx as nx
from matplotlib import pylab as pl

G = nx.karate_club_graph()
res = [0,1,2,3,4,5]
new_nodes = []
for n in G.nodes(data=True):
  if n[0] in res:
    new_nodes.append(n)

k = G.subgraph(new_nodes)
pos = nx.spring_layout(k)

pl.figure()
nx.draw(k, pos=pos)
pl.show()

Answer 1

您遇到的问题是您的子图命令告诉它使用节点列表创建子图，其中每个元素不仅是节点名称，而且还有关于该节点名称的数据。命令 G.subgraph 只需要节点名称列表。

解决这个问题最简单的方法就是

k = G.subgraph(res)

即使 res 中的某些节点不在 G 中，它也能正常工作。

我将进行此更改，并展示如何通过添加额外的子图绘制多次并保持一致的位置。它将绘制您的 k，然后绘制由不在 k 中的所有节点组成的子图。请注意，由于 subgraph 的工作方式，两者之间不存在边。

import networkx as nx
from matplotlib import pylab as pl

G = nx.karate_club_graph()
res = [0,1,2,3,4,5, 'parrot'] #I've added 'parrot', a node that's not in G
                              #just to demonstrate that G.subgraph is okay
                              #with nodes not in G.    
pos = nx.spring_layout(G)  #setting the positions with respect to G, not k.
k = G.subgraph(res)  

pl.figure()
nx.draw_networkx(k, pos=pos)

othersubgraph = G.subgraph(range(6,G.order()))
nx.draw_networkx(othersubgraph, pos=pos, node_color = 'b')
pl.show()

在 G.nodes() 调用中设置 data=True 的效果如下:

print G.nodes()
> [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33]
print G.nodes(data=True)
> [(0, {'club': 'Mr. Hi'}), (1, {'club': 'Mr. Hi'}), (2, {'club': 'Mr. Hi'}), (3, {'club': 'Mr. Hi'}), (4, {'club': 'Mr. Hi'}), (5, {'club': 'Mr. Hi'}), (6, {'club': 'Mr. Hi'}), (7, {'club': 'Mr. Hi'}) ...  *I've snipped stuff out*

所以 G.nodes() 只是给出节点名称。 G.nodes(data=True) 给出了一个元组列表，其中第一个条目是节点名称，第二个条目是显示关于这些节点的任何数据的字典。