python - 无法导入安装在新 Conda 环境中的包

Question

我正在尝试在 HPC 服务器上创建自己的 conda python 环境，但发生了一些非常奇怪的事情。

问题

在创建了一个新的conda环境之后，似乎python在这个环境中没有看到自己，并且使用了基础环境......因此我无法使用安装在新环境中的包，但我可以看到基础环境中的那些环境...

这是我做的

我的环境安装如下:

$ conda create -n niml pip python=3.6.5
$ source activate niml
(niml) $ conda install -c conda-forge luigi

然后我检查我安装的包:

(niml) $ conda list

这是我得到的，非常基本的环境:

# Name                    Version                   Build  Channel
botocore                  1.10.61                    py_0    conda-forge
ca-certificates           2018.4.16                     0    conda-forge
certifi                   2018.4.16                py36_0    conda-forge
docutils                  0.14                     py36_0    conda-forge
jmespath                  0.9.3                      py_1    conda-forge
libedit                   3.1.20170329         h6b74fdf_2
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 7.2.0                hdf63c60_3
libstdcxx-ng              7.2.0                hdf63c60_3
lockfile                  0.12.2                     py_1    conda-forge
luigi                     2.7.6                    py36_0    conda-forge
ncurses                   6.1                  hf484d3e_0
openssl                   1.0.2o                        0    conda-forge
pip                       10.0.1                   py36_0
pyparsing                 2.2.0                      py_1    conda-forge
python                    3.6.5                hc3d631a_2
python-daemon             2.1.2                    py36_0
python-dateutil           2.7.3                      py_0    conda-forge
readline                  7.0                  ha6073c6_4
setuptools                39.2.0                   py36_0
six                       1.11.0                   py36_1    conda-forge
sqlite                    3.24.0               h84994c4_0
tk                        8.6.7                hc745277_3
tornado                   4.5.3                    py36_0    conda-forge
wheel                     0.31.1                   py36_0
xz                        5.2.4                h14c3975_4
zlib                      1.2.11               ha838bed_2

然后我尝试运行 python 并导入我安装的包 luigi，但它没有找到它，导致以下错误。

(niml) $ python

>>> import luigi
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'luigi'

我还尝试导入在基础环境中而不是在新环境中的 numpy，并且它有效。

>>> import numpy

上面的工作，这意味着python认为它在基础环境中运行。

正在运行自己环境中的Python

查了一下是哪个python执行的，确实是新环境下的那个niml:

>>> import sys
>>> sys.executable

'~/.conda/envs/niml/bin/python'

同样从命令行查看，是环境中的python可执行文件:

(niml) $ which python

~/.conda/envs/niml/bin/python

我在 HPC 上运行

我以前创建过数百次 anaconda 环境，但从未遇到过这个问题。唯一的区别是我使用的是 HPC 服务器，因此我必须做这样的事情:

module load python/anaconda3

这是我从可能造成此问题的通常工作流程中看到的唯一区别...

有没有其他人以前遇到过这个问题并且能够解决它？？

Answer 1

我试图解决类似的问题并通过 virtualenv 而不是使用 conda 环境解决了这个问题。我相信 Anaconda 和您的机器之间存在冲突，因为两者都认为他们正在控制您的新环境，而在 virtualenv 中设置新环境似乎可以解决。

如果对您有帮助，请引用以下如何使用 virtualenv 设置环境。如果您还没有为新环境创建一个位置:

mkdir ~/virtualenvironment

设置你的虚拟环境:

virtualenv ~/virtualenvironment/niml/ --python=python3.6.5

激活你的环境:

source bin/activate

确保你已经安装了你需要的任何包:

pip install luigi

检查包是否在 python 中正确导入:

python
import luigi

停用:

source deactivate