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- linux - Unix 显示有关匹配两种模式之一的文件的信息
- 正则表达式替换多个文件
- linux - 隐藏来自 xtrace 的命令
我之前问过类似的问题,但没有得到有用的回答,所以我会尽量让事情更清楚。
我正在寻找的是对某个 linux 命令运行多线程或最好是多处理方法。如果有人熟悉 Picard ,我想在 bam 文件上运行早期版本,同时在同一个 bam 文件上运行更新版本。这个想法是为了测试新版本的速度有多快,以及它是否给出相同的结果。
我的主要问题是我不知道如何在 Popen 命令上实现多处理。例如
cmd1 = ['nice', 'time', 'java', '-Xmx6G', '-jar', '/comparison/old_picard/MarkDuplicates.jar', 'I=/comparison/old.bam', 'O=/comparison/old_picard/markdups/old.dupsFlagged.bam', 'M=/comparison/old_picard/markdups/old.metrics.txt', 'TMP_DIR=/comparison', 'VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT', 'ASSUME_SORTED=true']
cmd2 = ['nice', 'time', 'java', '-Xmx6G', '-jar', '/comparison/new_picard/MarkDuplicates.jar', 'I=/comparison/new.bam', 'O=/comparison/new_picard/markdups/new.dupsFlagged.bam', 'M=/comparison/new_picard/markdups/new.metrics.txt', 'TMP_DIR=/comparison', 'VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT', 'ASSUME_SORTED=true']
c1 = subprocess.Popen(cmd1, stdout=subprocess.PIPE)
c2 = subprocess.Popen(cmd2, stdout=subprocess.PIPE)
然后我有一个定时器功能:
def timeit(c):
past = time.time()
results = [c.communicate()]
present = time.time()
total = present - past
results.append(total)
return results
我想做的是:
p = Process(target=timeit, args=(c1,c2))
p.start()
p.join()
但是我收到“Popen object not iterable”错误。有没有人比我现在有更好的主意?我不想朝完全不同的方向出发,结果却撞到了另一堵墙。总之,我想同时在一个 cpu 上运行 c1,在另一个 cpu 上运行 c2,请帮忙!
最佳答案
不是传递 subprocess.Popen(首次定义时将串行运行,而不是并行运行),而是传递命令:
import time
import subprocess
from multiprocessing import Process
cmd1 = ['nice', 'time', 'java', '-Xmx6G', '-jar', '/comparison/old_picard/MarkDuplicates.jar', 'I=/comparison/old.bam', 'O=/comparison/old_picard/markdups/old.dupsFlagged.bam', 'M=/comparison/old_picard/markdups/old.metrics.txt', 'TMP_DIR=/comparison', 'VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT', 'ASSUME_SORTED=true']
cmd2 = ['nice', 'time', 'java', '-Xmx6G', '-jar', '/comparison/new_picard/MarkDuplicates.jar', 'I=/comparison/new.bam', 'O=/comparison/new_picard/markdups/new.dupsFlagged.bam', 'M=/comparison/new_picard/markdups/new.metrics.txt', 'TMP_DIR=/comparison', 'VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT', 'ASSUME_SORTED=true']
def timeit(cmd):
print cmd
past = time.time()
p = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE)
results = [p.communicate()]
present = time.time()
total = present - past
results.append(total)
return results
p1 = Process(target=timeit, args=(cmd1,))
p2 = Process(target=timeit, args=(cmd2,))
for p in (p1, p2):
p.start()
for p in (p1, p2):
p.join()
预计到达时间:虽然上述解决方案通常是进行多处理的方法,但@Jordan 完全正确,您不应该使用这种方法来为两个版本的软件计时。为什么不按顺序运行它们?
关于python - 多处理和多线程,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/9470155/
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