python - 在 IPython 笔记本上使用 rpy2？

Question

是否可以在 IPython 笔记本上使用 rpy2(调用 ggplot2)，然后保存它们(并像其他笔记本一样在 NBViewer 上共享 http://nbviewer.ipython.org/)？让 rpy2 ggplots 出现在笔记本中和/或以交互方式出现是否有任何挑战？如果有人可以提供示例 session 及其在 IPython 中使用 rpy2 在笔记本中制作 ggplot2 图的输出，将会很有帮助。

Answer 1

这是在没有查看 rmagic 中的代码的情况下编写的。他们有更聪明的方法来做到这一点(我有 11 行代码)。

import uuid
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image

grdevices = importr('grDevices')
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600):
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4())
    grdevices.png(fn, width = width, height = height)
    gg.plot()
    grdevices.dev_off()
    return Image(filename=fn)

尝试一下:

from rpy2.robjects.lib import ggplot2
from rpy2.robjects import Formula
datasets = importr('datasets')
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars']
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \
    ggplot2.geom_point() + \
    ggplot2.geom_smooth() + \
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am'))

ggplot_notebook(p, height=300)