python - 在不创建序列文件的情况下运行 BLAST (bl2seq)

Question

我有一个执行 BLAST 查询的脚本 (bl2seq)

脚本是这样工作的:

1. Get sequence a, sequence b
2. write sequence a to filea
3. write sequence b to fileb
4. run command 'bl2seq -i filea -j fileb -n blastn'
5. get output from STDOUT, parse
6. repeat 20 million times

程序 bl2seq 不支持管道。有没有办法做到这一点并避免写入/读取硬盘？

顺便说一句，我正在使用 Python。

Answer 1

根据您运行的操作系统，您可以使用类似 bash's process substitution 的东西.我不确定你是如何在 Python 中设置它的，但你基本上是在使用命名管道(或命名文件描述符)。如果 bl2seq 试图在文件中查找，那将不起作用，但如果它只是按顺序读取它们，它应该会起作用。