python - 重新编号蛋白质结构文件 (pdb) 中的残基

Question

你好
我目前正在参与制作一个旨在将所有乳头瘤病毒信息组合在一个地方的网站。作为工作的一部分，我们正在管理公共(public)服务器(例如 genbank)上的所有已知文件我遇到的问题之一是所有已解决结构中的许多(~50%)没有根据蛋白质编号。IE。一个亚结构域被结晶(氨基酸 310-450)，但结晶学家将其作为残基 1-140 存放。我想知道是否有人知道重新编号整个 pdb 文件的方法。我找到了对序列重新编号的方法(由 seqres 标识)，但这不会更新螺旋和表信息。如果您有任何建议，我将不胜感激……
谢谢

Answer 1

我是 pdb-tools 的维护者- 这可能是一个可以帮助你的工具。

我最近修改了 residue-renumber我的应用程序中的脚本以提供更大的灵 active 。它现在可以重新编号 hetatms 和特定链，并强制残基编号连续或仅向所有残基添加用户指定的偏移量.

如果这对您有帮助，请告诉我。