python - 如何正确地将 scipy.sparse CSR 矩阵传递给 cython 函数？

Question

我需要将 scipy.sparse CSR 矩阵传递给 cython 函数。如何指定类型，就像指定 numpy 数组一样？

Answer 1

下面是一个示例，说明如何使用属性 row、col 和 data< 从 coo_matrix 快速访问数据。该示例的目的只是展示如何声明数据类型和创建缓冲区(还添加通常会给您带来相当大提升的编译器指令)...

#cython: boundscheck=False
#cython: wraparound=False
#cython: cdivision=True
#cython: nonecheck=False

import numpy as np
from scipy.sparse import coo_matrix
cimport numpy as np

ctypedef np.int32_t cINT32
ctypedef np.double_t cDOUBLE

def print_sparse(m):
    cdef np.ndarray[cINT, ndim=1] row, col
    cdef np.ndarray[cDOUBLE, ndim=1] data
    cdef int i
    if not isinstance(m, coo_matrix):
        m = coo_matrix(m)
    row = m.row.astype(np.int32)
    col = m.col.astype(np.int32)
    data = m.data.astype(np.float64)
    for i in range(np.shape(data)[0]):
        print row[i], col[i], data[i]