ruby - linux grep和Ruby的扫描结果不一致

Question

我有一份 DNA 序列列表(每行一个):

ACTGCTCGGGGG.....

CGCTCGCTTCTCTC...

等等

大多数序列包含两个特定的基序，一个靠近开头，一个靠近结尾。我正在提取中间的序列:

1. 使用 grep:grep "motif1.*motif2"inputfile > outputfile

2. 在带有扫描的 ruby​​ 中，其中 sequences 是一个 DNA 序列数组:

    sequences.each do |seq|
     tmp=seq.scan(/motif1.*motif2/)[0]
     outputfile << tmp if tmp
    end
   

问题是我得到不同数量的提取序列。为什么？

Answer 1

默认情况下，Ruby 的 scan 返回一个包含匹配正则表达式部分的数组。 Grep 不会这样做，如果 color 设置为 auto，它会返回整行并突出显示匹配项。仅从 grep 检索匹配的零件, 使用 -o 选项。

grep -o "motif1.*motif2" inputfile > outputfile

上一个命令应保存与 ruby 相同的输出的扫描。