xml - 如何将XML中具有相同名称的多个节点转换为R中的df/list？

Question

这是我第一次使用 R 来体验 XML。所以我的问题可能听起来很天真，如果不是愚蠢的话......我以

的模式下载了一个 XML 文件

<experiment>
  <sampleattribute>
    <category>AGE</category>
    <value>8</value>
    <value>10</value>
    <value>11</value>
  </sampleattribute>
  <sampleattribute>
    <category>SEX</category>
    <value>female</value>
    <value>male</value>
  </sampleattribute>
</experiment>
<experiment>
  <sampleattribute>
    <category>DESIGN</category>
    <value>control</value>
    <value>disease</value>
  </sampleattribute>
</experiment>
<experiment>
  <sampleattribute>
    <category>AGE</category>
    <value>8</value>
    <value>10</value>
    <value>11</value>
  </sampleattribute>
  <sampleattribute>
    <category>SEX</category>
    <value>female</value>
  </sampleattribute>
  <sampleattribute>
    <category>DESIGN</category>
    <value>control</value>
    <value>disease</value>
  </sampleattribute>
</experiment>

如您所见，每个实验节点都有不同的样本属性。我想以最终将转换为数据帧的方式连接每个实验中的所有样本属性。

我已经尝试过 attr<- xpathSApply(myxml, "//experiment/sampleattribute")，但无法追踪哪个实验具有哪些样本属性。

非常感谢您的任何建议。

Answer 1

您无法获得具有此类 XML 的 dataframe，而是一个列表。

使用 XML 包你可以这样做，例如:

doc = htmlParse(txt,asText=TRUE)

res = lapply(xpathSApply(doc,'//experiment'),
       function(x){
         category = xpathSApply(x,'sampleattribute/category',xmlValue)
         values = xpathSApply(x,'sampleattribute/value',xmlValue)
         list(category=category,
              values =values)
       })

然后你可以检查你的结果:

 str(res)
 List of 3
 $ :List of 2
  ..$ category: chr [1:2] "AGE" "SEX"
  ..$ values  : chr [1:5] "8" "10" "11" "female" ...
 $ :List of 2
  ..$ category: chr "DESIGN"
  ..$ values  : chr [1:2] "control" "disease"
 $ :List of 2
  ..$ category: chr [1:3] "AGE" "SEX" "DESIGN"
  ..$ values  : chr [1:6] "8" "10" "11" "female" ..