git - 如何使用 Git 组织一组科学实验

Question

我正在模型上运行实验，工作流程如下:

• 我在模型(Python 软件)中工作
• 我更改了一些参数并进行了实验
• 然后，我会将实验结果存储起来(作为泡菜)。
• 然后，我将使用另一个软件 (IPython Notebooks) 分析(腌制的)结果。

我正在使用 Git and Scientific Reproducibility作为指南，其中实验的结果沿着提交的散列存储在一个表中。我想将结果存储在一个目录中，将目录命名为散列。

考虑到版本控制，我想将代码和分析隔离开来。例如，analysis 中 IPython notebook 中绘图颜色的变化不应该改变 code

中的任何内容

我想到的方法:

目录结构如下:

model
- code
- simulation_results
   - a83bc4
   - 23e900
   - etc 
- analysis

以及用于代码和分析的不同 Git 存储库，将 simulation_results 留在 Git 之外。

有什么意见吗？更好的解决方案？谢谢。

Answer 1

这看起来不错，您的结构非常适合使用 git submodules ，model 成为父 git repo。

这样，您将在 model 存储库中将 code 和 analysis SHA1 链接在一起。

这意味着您可以根据 model 存储库(“父”存储库)的 SHA1 在私有(private)(即未版本化)目录 model/simulation_results 中创建您的目录:SHA1 链接了 project 和 analysis 子模块的 SHA1，这意味着您可以准确地 重现实验(基于两者的确切内容项目和分析)。