linux - 使用 mpirun 时，如何使分析器(valgrind、perf、pprof)获取/使用带有调试符号的本地版本的库？

Question

编辑: 添加了关于调试 MPI 应用程序的重要说明

系统安装的共享库没有调试符号:

$ readelf -S /usr/lib64/libfftw3.so | grep debug
$

因此，我在我的主目录中编译并安装了我自己的版本，并启用了调试 (--with-debug CFLAGS=-g):

$ $ readelf -S ~/lib64/libfftw3.so | grep debug
  [26] .debug_aranges    PROGBITS         0000000000000000  001d3902
  [27] .debug_pubnames   PROGBITS         0000000000000000  001d8552
  [28] .debug_info       PROGBITS         0000000000000000  001ddebd
  [29] .debug_abbrev     PROGBITS         0000000000000000  003e221c
  [30] .debug_line       PROGBITS         0000000000000000  00414306
  [31] .debug_str        PROGBITS         0000000000000000  0044aa23
  [32] .debug_loc        PROGBITS         0000000000000000  004514de
  [33] .debug_ranges     PROGBITS         0000000000000000  0046bc82

我已经将 LD_LIBRARY_PATH 和 LD_RUN_PATH 设置为首先包含 ~/lib64，ldd program 确认应该使用本地版本的库:

$ ldd a.out | grep fftw
        libfftw3.so.3 => /home/narebski/lib64/libfftw3.so.3 (0x00007f2ed9a98000)

有问题的程序是并行数值应用，使用 MPI (消息传递接口(interface))。因此，要运行此应用程序，必须使用 mpirun 包装器(例如 mpirun -np 1 valgrind --tool=callgrind ./a.out)。我使用 OpenMPI 实现。

然而，各种分析器:callgrind Valgrind 中的工具, CPU profiling google-perfutils和 perf没有找到那些调试符号，导致或多或少的无用输出:

• 钙磨:

  $ callgrind_annotate --include=~/prog/src --inclusive=no  --tree=none
  [...]
  --------------------------------------------------------------------------------
              Ir  file:function
  --------------------------------------------------------------------------------
  32,765,904,336  ???:0x000000000014e500 [/usr/lib64/libfftw3.so.3.2.4]
  31,342,886,912  /home/narebski/prog/src/nonlinearity.F90:__nonlinearity_MOD_calc_nonlinearity_kxky [/home/narebski/prog/bin/a.out]
  30,288,261,120  /home/narebski/gene11/src/axpy.F90:__axpy_MOD_axpy_ij [/home/narebski/prog/bin/a.out]
  23,429,390,736  ???:0x00000000000fc5e0 [/usr/lib64/libfftw3.so.3.2.4]
  17,851,018,186  ???:0x00000000000fdb80 [/usr/lib64/libmpi.so.1.0.1]
  

• 谷歌性能工具:

  $ pprof --text a.out prog.prof
  Total: 8401 samples
       842  10.0%  10.0%      842  10.0% 00007f200522d5f0
       619   7.4%  17.4%     5025  59.8% calc_nonlinearity_kxky
       517   6.2%  23.5%      517   6.2% axpy_ij
       427   5.1%  28.6%     3156  37.6% nl_to_direct_xy
       307   3.7%  32.3%     1234  14.7% nl_to_fourier_xy_1d
  

• 性能事件:

  $ perf report --sort comm,dso,symbol
  # Events: 80K cycles
  #
  # Overhead  Command         Shared Object                                        Symbol
  # ........  .......  ....................  ............................................
  #
      32.42%  a.out     libfftw3.so.3.2.4     [.]            fdc4c
      16.25%  a.out             7fddcd97bb22  [.]     7fddcd97bb22
       7.51%  a.out     libatlas.so.0.0.0     [.] ATL_dcopy_xp1yp1aXbX
       6.98%  a.out     a.out                 [.] __nonlinearity_MOD_calc_nonlinearity_kxky
       5.82%  a.out     a.out                 [.] __axpy_MOD_axpy_ij
  

---

编辑于 2011 年 7 月 11 日添加:
我不知道这是否重要，但是:

$ file /usr/lib64/libfftw3.so.3.2.4
/usr/lib64/libfftw3.so.3.2.4: ELF 64-bit LSB shared object, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, stripped

和

$ file ~/lib64/libfftw3.so.3.2.4
/home/narebski/lib64/libfftw3.so.3.2.4: ELF 64-bit LSB shared object, x86-64, version 1 (GNU/Linux), dynamically linked, not stripped

Answer 1

如果 /usr/lib64/libfftw3.so.3.2.4 列在 callgrind 输出中，那么您的 LD_LIBRARY_PATH=~/lib64 没有效果.

再试一次 export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib64。还要注意您调用的任何 shell 脚本，它们可能会重置您的环境。