r - 从 linux shell 脚本调用 Rscript

Question

任何人都可以建议我如何让它工作....

我有一个 R 脚本，需要几分钟才能运行并写入几百行输出。我想围绕这个 R 脚本编写一个 shell 脚本包装器，它将在后台启动 R 脚本，将其输出通过管道传输到一个文件并开始跟踪该文件的底部。如果用户随后输入 CTRL-C，我希望它终止 shell 脚本和 tail 命令，而不是 R 脚本。听起来很简单吧？

我在下面制作了一个简化示例，但我不明白为什么这不起作用。每当我杀死 shell 脚本时，尽管显然在后台运行，R 脚本也会被杀死。我试过 nohup、disown 等都没有成功。

例子.R

for(i in 1:1000){
   Sys.sleep(1)
   print(i)
}

包装器.sh

#!/bin/bash

Rscript example.R > logfile &

tail -f logfile

提前致谢!

Answer 1

以下似乎适用于我的 Ubuntu 机器:

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail -f logfile.txt

---

下面是发送SIGINT到wrapper.sh之前的一些相关流程:

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8519 pts/4    00:00:00 wrapper.sh
 8520 ?        00:00:00 R
 8521 pts/4    00:00:00 tail

在Ctrl+C之后，可以看到R还在运行，但是wrapper.sh和tail已被杀死:

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8520 ?        00:00:00 R

---

尽管将 Rscript [...] 命令附加到 & 会将其发送到后台，但它仍然是同一进程的一部分 group，因此也接收到 SIGINT。

---

我不确定这是否是您的意图，但由于您正在调用 tail -f，如果没有被 Ctrl+c 中断，您的 shell 正在运行wrapper.sh 即使在 R 进程完成后也会继续挂起。如果你想避免这种情况，以下应该可行，

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail --pid="$!" -f logfile.txt

其中 "$!" 是最后执行的后台进程的进程 ID(Rscript [...] 调用)。