linux - 如何根据 K 列的长度对 Tab 格式文件进行排序

Question

我有一个空格分隔的表格文件，如下所示:

>NODE 28 length 23 cov 11.043478 ACATCCCGTTACGGTGAGCCGAAAGACCTTATGTATTTTGTGG
>NODE 32 length 21 cov 13.857142 ACAGATGTCATGAAGAGGGCATAGGCGTTATCCTTGACTGG
>NODE 33 length 28 cov 14.035714 TAGGCGTTATCCTTGACTGGGTTCCTGCCCACTTCCCGAAGGACGCAC

我如何使用 Unix sort 按 DNA 序列 [ATCG] 的长度对其进行排序？

Answer 1

如果长度在第 4 列，sort -n -k4 应该可以解决问题。

如果答案需要算出长度，那么您正在寻找排序前的预处理步骤。也许 python 只是打印出第 7 个空格分隔列的长度作为最后一列或第一列。