linux - 使用 SED/AWK/Perl 单行中的条件加入 FASTA 文件中的换行符-6ren

linux - 使用 SED/AWK/Perl 单行中的条件加入 FASTA 文件中的换行符

转载作者：IT王子更新时间：2023-10-29 00:50:39

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我有一个看起来像这样的数据

> sq1
foofoofoobar
foofoofoo
> sq2
quxquxquxbar
quxquxquxbar
quxx
> sq3
paxpaxpax
pax

我想做的是将它们连成一行:

> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax

我试过这段代码但失败了。

sed -e 'te' -e 'H;$!d;:e' -e 'x;/^$/d;s/\n//g'

正确的做法是什么？

最佳答案

$ awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' file 
> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax

关于linux - 使用 SED/AWK/Perl 单行中的条件加入 FASTA 文件中的换行符，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/2360289/

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