linux - Condor 的沙盒 R(在 Linux 上)

Question

我的大学运行一个 condor 计算网格(计算节点运行 Linux)，我想用它在 R 中运行模拟。问题是网格上只有一些机器安装了 R。到目前为止，我看到了两个选项，但我不知道如何实现任何一个，所以我希望你能帮助我(记住我不是系统管理员，不能做太多改变设置计算节点):

1) 检查随我的 condor 提交文件发出的 ClassAds，要求在具有 /usr/bin/R 的节点上计算作业。

2) 将 R 及其所有依赖项打包到一个独立的目录中，该目录可以发送到计算节点，并且可以针对该目录运行我的模拟。我已经尝试了几个小时来做​​到这一点，但是 R 的 Linux 版本(与 OSX 和 Windows 版本不同)似乎针对分布在文件系统中的库运行，我想不出一种实用的方法来收集它们全部放入 R 可以找到它们的位置。

有什么想法吗？提前致谢。

Answer 1

最终对我有用的是建议的解决方案 (1)。在这里，我将讨论如何在我的 condor 提交文件和我的 worker shell 脚本中实现 (1)。

这是 shell 脚本。重要的变化是通过以下方式检查 R 是否安装在计算节点上:if [ -f/usr/bin/R ]。如果找到 R，我们沿着返回值 0 结束的路径前进。如果没有找到 R，我们返回 1(这就是行 exit 0 和 exit 1 的含义)。

mkdir output
if [ -f /usr/bin/R ]
then
    if $(uname -m |grep '64')
    then
            Rscript code/simulations-x86_64.r $*
    else
            Rscript code/simulations-i386.r $*
    fi

    tar -zcvf output/output-$1-$2.tgz2 output/*.csv
    exit 0
else
    exit 1
fi

现在神鹰提交文件。关键的变化是倒数第二行 (on_exit_remove = (ExitBySignal == False) && (ExitCode == 0))。它检查来自计算节点的每个作业的返回值——如果返回值不为零(即，如果在计算节点上未找到 R)，则该作业将放回队列中以重新运行。否则，作业被视为已完成并从队列中移除。

universe = vanilla
log = logs/log_$(Cluster)_$(Process).log
error = logs/err_$(Cluster)_$(Process).err
output = logs/out_$(Cluster)_$(Process).out
executable = condor/worker.sh
arguments = $(Cluster) $(Process)
requirements = (Target.OpSys=="LINUX" && regexp("stat", Machine))
should_transfer_files = YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT
transfer_input_files = code, R-libs, condor, seeds.csv
transfer_output_files = output
notification = Never
on_exit_remove = (ExitBySignal == False) && (ExitCode == 0)
queue 1800