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linux - 如何将 awk 用于压缩文件

转载作者：IT王子更新时间：2023-10-29 00:15:09

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如何更改压缩文件的以下命令？

awk 'FNR==NR { array[$1,$2]=$8; next } ($1,$2) in array { print $0 ";" array[$1,$2] }' input1.vcf input2.vcf

该命令可以正常处理普通文件。我需要更改压缩文件的命令。

最佳答案

你需要像这样阅读它们的压缩文件:

awk '{ ... }' <(gzip -dc input1.vcf.gz) <(gzip -dc input2.vcf.gz)

试试这个:

awk 'FNR==NR { sub(/AA=\.;/,""); array[$1,$2]=$8; next } ($1,$2) in array { print $0 ";" array[$1,$2] }' <(gzip -dc input1.vcf.gz) <(gzip -dc input2.vcf.gz) | gzip > output.vcf.gz

关于linux - 如何将 awk 用于压缩文件，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/13137501/

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