Python 和 OpenMP C 扩展

Question

我有一个 C 扩展，我想在其中使用 OpenMP。但是，当我导入模块时，出现导入错误:

ImportError: /home/.../_entropysplit.so: undefined symbol: GOMP_parallel_end

我已经用 -fopenmp 和 -lgomp 编译了模块。这是因为我的 Python 安装没有使用 -fopenmp 标志编译吗？我必须从源代码构建 Python 吗？或者还有其他的可能吗？这是我唯一一次在我的模块中实际使用 openmp:

unsigned int feature_index;
#pragma omp parallel for
for (feature_index = 0; feature_index < num_features; feature_index++) {

如果可能的话，我想坚持使用 openmp，因为它非常简单，而且这种情况下的并行化非常适合它。

编辑:我硬着头皮重新编译了支持 OpenMP 的 Python。我的模块现在可以完美运行，但这并不是一个很好的解决方案。如果它需要完全重新编译 Python，我无法真正分发它。那么有人知道解决这个问题的方法吗？也许 ctypes 会起作用吗？

已解决!这是一个简单的链接问题。 (我为此重建了 Python？!)在模块编译期间未正确链接 OpenMP。因此，IS可以加载使用 OpenMP 的 C Python 扩展。

Answer 1

为了更清楚，你的 setup.py 应该是这样的:

ext = Extension(
      'milk.unsupervised._som',
      sources = ['milk/unsupervised/_som.cpp'],
      extra_compile_args=['-fopenmp'],
      extra_link_args=['-lgomp'])


...
setup(..., ext_modules = [ext])