python - 将带有字符串的结构化 numpy 数组传递给 cython 函数

Question

我正在尝试通过定义 cython 结构类型在 cython 中创建一个接受 numpy 结构化数组或记录数组的函数。假设我有数据:

a = np.recarray(3, dtype=[('a', np.float32),  ('b', np.int32), ('c', '|S5'), ('d', '|S3')])
a[0] = (1.1, 1, 'this\0', 'to\0')
a[1] = (2.1, 2, 'that\0', 'ta\0')
a[2] = (3.1, 3, 'dogs\0', 'ot\0')

(注意:下面描述的问题在有或没有空终止符的情况下都会发生)

然后我有 cython 代码:

import numpy as np
cimport numpy as np

cdef packed struct tstruct:
    np.float32_t a
    np.int32_t b
    char[5] c
    char[3] d

def test_struct(tstruct[:] x):
    cdef:
        int k
        tstruct y

    for k in xrange(3):
        y = x[k]
        print y.a, y.b, y.c, y.d

当我尝试运行 test_struct(a) 时，出现错误:

ValueError: Expected a dimension of size 5, got 8

如果在数组和相应的结构中重新排序，使得包含字符串的字段彼此不相邻，则该函数按预期工作。似乎 Cython 函数没有正确检测 c 和 d 字段之间的边界，并且认为您正在传递长度总和的 char 数组.

没有重新洗牌数据(这是可能的，但并不理想)，是否有另一种方法可以将具有固定长度字符串数据的recarray 传递给 Cython？

更新:这似乎是一个潜在的 Cython 错误。请参阅有关 Cython google 组的以下讨论，该讨论暗示了问题出现的位置:

https://groups.google.com/forum/#!topic/cython-users/TbLbXdi0_h4

更新 2: 自 2014 年 2 月 23 日起，此错误已在 Github 上的 cython 主分支中修复，该补丁计划包含在 v0.20.2 中:https://github.com/cython/cython/commit/58d9361e0a6d4cb3d4e87775f78e0550c2fea836

Answer 1

这是一个错误，已于 2014 年 2 月 22 日在 Github 上的主 cython 分支中修复，该补丁计划包含在 v0.20.2 中:https://github.com/cython/cython/commit/58d9361e0a6d4cb3d4e87775f78e0550c2fea836