python - N点与numpy/scipy中的引用之间的有效距离计算

Question

我刚开始使用 scipy/numpy。我有一个 100000*3 的数组，每一行是一个坐标，一个 1*3 的中心点。我想计算数组中每一行到中心的距离并将它们存储在另一个数组中。最有效的方法是什么？

Answer 1

我会看看 scipy.spatial.distance.cdist:

http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.spatial.distance.cdist.html

import numpy as np
import scipy

a = np.random.normal(size=(10,3))
b = np.random.normal(size=(1,3))

dist = scipy.spatial.distance.cdist(a,b) # pick the appropriate distance metric 

默认距离度量的

dist 等效于:

np.sqrt(np.sum((a-b)**2,axis=1))  

虽然 cdist 对于大型数组来说效率更高(在我的机器上，由于您的大小问题，cdist 快了约 35 倍)。